制药工程专业的核心课程涵盖了化学基础与制药技术的广泛领域，包括有机化学、生物化学、物理化学等基本理论课程，这些为学生打下了坚实的化学基础。在制药技术方面，制药工程、药物合成反应、药物化学、药剂学、天然药物化学、应用光谱解析、制药工艺学、药用高分子材料、制药分离工程、药物分析、制药装备与车间设计等课程帮助学生掌握药物研发、生产与质量控制的技术与方法。药事管理学和药品营销则让学生了解行业管理与市场运作。这些课程不仅培养学生在药物合成、药物分析、药物制剂等方面的能力，还使他们具备药品生产与管理的知识。

对于中药制药专业的学生，除了上述课程外，还需要学习药用植物学、中药学、方剂学、中药化学、中药药剂学、中药制剂分析、中药药理学等课程。这些课程使学生能够深入了解中药的成分与功效，以及如何将这些天然产物转化为有效的药物。

另外，农药制药工程学科则需要学习植物学和农药学等课程。这些课程帮助学生理解农药的合成与应用，以及如何通过科学的方法提高农药的效能和安全性。

总体而言，制药工程专业课程设计全面，旨在培养具备扎实化学基础、制药技术和管理知识的复合型人才，以满足制药行业的多样化需求。