自1981年起，上海社科院经济研究所作为首批硕士学位授权单位，得到了国务院学位委员会的批准。其研究生教育涵盖了政治经济学、中国经济史以及经济思想史等多个领域，为硕士研究生提供了丰富的学位授予点。

1986年，研究所进一步发展，成为政治经济学博士学位授予点，展示了其在高级学术研究领域的实力。2006年，与上海社科院世界经济研究所合作，经济研究所被授予理论经济学一级学科博士学位授予点，其二级学科博士学位授予点包括政治经济学、经济思想史、中国经济史、人口资源环境经济学，以及与世界经济研究所共享的西方经济学。

此外，研究所还设立了理论经济学博士后流动站，为研究人员提供了深入研究和学术交流的平台，进一步提升了其在研究生教育和高级人才培养方面的层次和质量。