四军医大学是军校招生，华西医科大学是社会普通招生。前者在校期间享受军队学员待遇，毕业后在部队系统分配工作，后者在校学费自理，毕业后自主择业。

如果仅从专业实力角度，要看考生想学哪方面的。华西医科大学的口腔医学最为出名，法医学、皮肤学、呼吸内科、消化内科、儿科、影像医学与核医学、骨外、普外、胸心外、妇产科、肿瘤学、营养与食品卫生学、药剂学方面都是国内拔尖的；四军医大的基础医学更为突出，并拥有与华西医科大学不同的优势领域，包括神经生物学、细胞生物学、生物化学与分子生物学、人体解剖与组织胚胎学、病原微生物学、病理学与病理生理学、军事预防医学、神外科、性病学、传染病内科等，而皮肤学、消化内科、骨外、胸心外科 方面与华西医科大学相当。