现在的大学不再使用“系”的称谓，而是将其改称为“学院”。历史上，一些学院在升格为大学后，院内的“系”也随之升格为“学院”。例如，“工学院”升格为“工业大学”、“理工大学”或“科技大学”，“医学院”则升格为“医科大学”或“师范学院”。沈阳农业大学，原名为沈阳农学院，改名为沈阳农业大学后，原有的系也随之升格为学院。

沈阳农业大学现设有多个学院，包括农学院、植物保护学院、园艺学院、土地与环境学院、经济管理学院、畜牧兽医学院、林学院、工程学院、信息与电气工程学院、水利学院、食品学院和生物科学技术学院。这些学院涵盖了广泛的学科领域，为学生提供了多样化的学习和研究机会。

农学院专注于农业科学的教学与研究，涵盖作物科学、农业生态学、农业工程等多个方向。植物保护学院致力于植物病虫害防治技术的研究与应用，培养专业人才。园艺学院则专注于花卉、果树、蔬菜等园艺作物的栽培与管理，为社会提供优质的园艺产品。

土地与环境学院关注土地资源利用与环境保护，开展土地整治、土壤改良、环境监测等方面的研究。经济管理学院培养经济管理领域的专业人才，涵盖经济学、管理学等多个学科。畜牧兽医学院专注于畜禽养殖与疫病防治，为畜牧业发展提供技术支持。

林学院致力于森林资源保护与利用，开展森林生态、林木育种等方面的研究。工程学院则专注于土木工程、机械工程等工程技术领域，培养工程技术人才。信息与电气工程学院开展信息科学与电气工程的研究与应用，为现代信息技术的发展贡献力量。

水利学院关注水资源利用与管理，开展水资源保护、水环境治理等方面的研究。食品学院专注于食品科学与技术的研究，培养食品加工与安全领域的专业人才。生物科学技术学院则致力于生物技术的研究与应用，为生物科学的发展提供支持。

理学院则侧重于自然科学的基础研究，涵盖物理、化学、生物等多个学科。这些学院的设立，为学生提供了全面的学科选择，也促进了学校学科体系的不断完善。