沈阳医学院课程设置涵盖多个专业领域，旨在为学生提供全面而深入的医学知识与技能。普通本科班课程包括系统解剖学、组织学与胚胎学、生理学、生物化学、病原生物学、医学免疫学、病理学、病理生理学、药理学、诊断学、内科学、外科学、妇产科学、儿科学、预防医学、循证医学等，为学生打下坚实的医学基础。

临床整合班课程则在普通本科班基础上，增加了外科总论与泌尿系统疾病、呼吸系统疾病与运动系统疾病、血液系统疾病、循环系统疾病、内分泌代谢系统疾病与风湿免疫系统疾病、消化系统疾病等专科知识，旨在培养学生的临床思维和实践技能。通过将基础理论与临床实践紧密结合，为学生提供更全面的医学教育。

基础临床整合班在普通本科班和临床整合班的基础上，更注重将基础医学知识与临床医学实践相结合。课程包括人体正常形态与结构（组胚）、人体正常形态与结构（解剖）、基础医学整合概论、病原生物学、血液系统、循环系统与呼吸系统、感觉器官、神经系统、内分泌系统与生殖系统、生物化学、医学免疫学、预防医学、诊断学、消化系统与泌尿系统等，旨在培养学生对医学知识的综合理解和应用能力。

通过沈阳医学院的专业课程设置，学生能够系统地学习医学理论知识，掌握临床技能，培养科学的医学思维，为将来从事医学工作奠定坚实的基础。