北京大学环境与发展协会的最高决策机构是理事会，其主要职责是对会长负责，并在副会长的协助下进行各项组织工作。理事会成员由会长提名并任命，通常由1-3人组成，任期内会定期召开例会，频率为每1-2周一次，但逢期中和期末会有短暂的暂停，分别为两周和一个月。会议主要讨论协会的发展策略，评估已进行的活动，以及规划未来的行动计划。

理事会成员需严格遵守出席规定，未出席者需提前向会长请假并提供合理解释。连续无故缺席三次者，将被视为自动退出。会长的产生方式比较特别，由上一任会长提名或五名以上理事共同推荐，然后经由理事会扩大会议进行选举确定。

在需要时，理事会会听取会员意见，召开全体大会，进行重大事项的讨论，如选举新任会长。每位理事拥有退出理事会的自由，但在离开前需推荐2名或以上的合适人选接替其职务，经过选举决定最终人选。

任何认同协会章程，并对环境与可持续发展事业抱有热情的北京大学在校学生以及社会人士，只要经过理事会的批准，获得会员证后，即可成为协会的正式会员。这体现了协会对广纳贤才，共同推动环保事业发展的开放态度。