科研院所研究生毕业证的发放，实际上是由大学负责的。研究所作为大学下属的一级机构或组织，并不具备独立办学的资格。因此，大学需通过教育部的认证，才能具备研究生的培养资质。大学在获得这些资质后，负责研究生的培养过程，并最终颁发毕业证书与硕士学位证书。

国内的研究所招收的学生主要是硕士和博士生，这些学位授予的标准和规定均由国务院学位办公室统一制定。无论是硕士还是博士的学位证书，都遵循统一的格式和模式，符合相应的国家标准。这确保了学位证书的权威性和一致性。

因此，尽管研究所负责研究生的教学和培养，但毕业证书的发放责任在于具有研究生培养资质的大学。研究所的职责更多在于提供研究环境和指导，而大学则确保研究生教育的质量和学位证书的正式性和合法性。

研究生教育的质量不仅取决于教学过程，还依赖于学位证书的权威性。统一的格式和模式，以及严格的国家标准，为研究生提供了可靠的质量保证。这种机制确保了每一位获得硕士学位或博士学位的学生，都能够获得一份合法、有效的学位证书，从而在全球范围内获得认可。

总之，虽然研究所是研究生教育的重要组成部分，但毕业证书的发放权属于拥有研究生培养资质的大学。这一体系确保了研究生教育的质量和学位证书的权威性。