南京大学自1987年重建医学院以来，成为教育部直属的第一所综合性大学七年制医学院。在2012年，南京大学医学院成功入选教育部卓越医生培养计划-拔尖创新人才培养计划，并开始试办八年制医学教育。其目标是培养杰出的领导型临床学家和医学科学家，这一办学理念和人才培养模式独具特色。

南京大学医学院目前设有三个专业：临床医学（八年制）、临床医学（5+3一体化）和口腔医学（五年制）。这些专业为学生提供了全面的医学知识和实践经验。

在学科建设方面，南京大学医学院拥有临床医学和基础医学的一级学科博士点，口腔医学的一级学科硕士点和临床医学博士后流动站。其中，普通外科学为国家重点学科，临床医学为江苏省重点学科。

根据美国科技信息所的ESI数据库最新统计结果显示，南京大学医学院的临床医学学科进入了全球排名前1%。这意味着，南京大学医学院在医学教育和研究领域达到了国际先进水平。