湖南省水利工程管理局负责组织贯彻执行农村水利方针、政策和法律、法规及有关规程和技术标准，研究提出全省农村水利发展战略、目标和措施。在农田水利基本建设方面，指导全省的建设工作，编制相关规划和实施方案，提出年度建设计划初步意见，并监督实施。在供水工作上，指导全省乡镇和灌区供水，制定全省农村供排水工程建设规划，提出全省农村饮水安全工程年度建设计划初步意见，组织审查批复年度实施方案并监督实施；同时指导全省村镇供水工程的经营管理。节水灌溉和灌溉试验工作由管理局指导，制定全省大中型灌区工程建设规划、续建配套和节水改造规划，组织大型灌区续建配套与节水改造年度实施方案和中型灌区工程初步设计的审查和批复，提出年度建设计划初步意见，并监督实施。对于山丘区灌排工作，管理局负责编制全省山丘区灌排泵站工程建设发展规划和更新改造规划，承担大中型灌溉泵站更新改造安全论证、初步设计的审查和批复，提出年度建设计划初步意见，并监督实施。在农业综合开发、标准农田建设、基本农田建设等涉水项目建设业务上，管理局负责审批占用农业灌溉水源事项。基层水利社会化服务体系建设和水利工程产权制度改革也是管理局的重要职责，负责灌区管理体制改革和小型水利工程产权制度改革，参与水价改革工作。此外，管理局还承担省水利建设指挥部办公室的日常工作，并负责管理省灌溉试验中心站。对于厅领导交办的其他事项，管理局也积极负责办理。