山东大学设有多个校区，各校区的学院分布多样，各具特色。其中，中心校区涵盖了哲学与社会发展学院、经济学院、文学与新闻传播学院、历史文化学院、数学学院、物理学院、化学与化工学院、信息科学与工程学院、生命科学学院、环境科学与工程学院、管理学院、马克思主义学院、国际教育学院、经济研究院、儒学高等研究院（山东大学文史哲研究院）、外国语学院大学外语教学部、晶体材料研究所、环境研究院、山东大学齐鲁证券金融研究院。

洪家楼校区则拥有政治学与公共管理学院、法学院、艺术学院、外国语学院等学院。趵突泉校区则集中了齐鲁医学部，包括医学院、公共卫生学院、口腔医学院、药学院、护理学院。

千佛山校区则有材料科学与工程学院、机械工程学院、控制科学与工程学院、能源与动力工程学院、电气工程学院、土建与水利学院、体育学院等学院。而兴隆山校区则在体育学院（除高水平运动员）外，还设有信息科学与工程学院（一二年级）、经济学院（一年级）、管理学院（一年级）、法学院（一年级）、政治学与公共管理学院（一年级）。