复旦大学药学院下设：药学学科（一级），其包含药物化学学科（天然药物化学、药物化学、生物合成药物化学、生药学）、药剂学科（药剂学、放射药学、药物分析、物理化学）、药理学科（药理学、生物化学）、临床药学学科（临床药学、药事管理学）等4个二级学科；本科药学实验教学中心；仪器测试中心；动物实验中心；《中国临床药学杂志》社。

复旦大学药学学科拥有一级学科博士学位授予权，并设有一级学科博士后流动站；二级学科博士点5个（药物化学、生药学、药剂学、药理学、生物化学）；二级学科硕士点6个（药物化学、生药学、药剂学、药理学、生物化学、药物分析），国家重点学科（药剂学）、上海市重点学科（药理学）。