河海大学的二本和一本的机械专业位于常州校区，而大一和大二的学生则在江宁校区学习。通常，大三、大四的学生以及研究生会回到主校区，即鼓楼校区。具体到各个院系的分配，主要由各个院系的实验室情况决定。一般而言，较强的工科专业会回到主校区，如大禹学院、水文学院、水电学院、港航学院、环境学院、立材学院、土交学院、地科学院等。

此外，河海大学还有一所三本的文天学院，其位于马鞍山。文天学院是河海大学的一个组成部分，为学生们提供了不同层次的教育选择。在河海大学，不同校区的分布与专业安排相匹配，旨在为学生提供最适合他们学习和发展的环境。