南京大学商学院分为经济学院和管理学院，两个学院各有特色的专业设置。

经济学院下设四个系：经济学系、国际经济与贸易系、金融与保险学系、以及产业经济学系。经济学系主要研究经济学的基本理论和应用；国际经济与贸易系专注于国际贸易和对外经济合作；金融与保险学系培养学生掌握金融及保险领域的知识与技能；产业经济学系则侧重于产业组织、产业结构和产业政策等方面的研究。

管理学院则包括了六个系：工商管理系、会计学系、电子商务系、市场营销系、人力资源管理学系和财务管理系。工商管理系致力于培养具有现代企业管理知识和技能的人才；会计学系则关注会计理论与实务；电子商务系注重电子商务技术与管理；市场营销系培养学生掌握市场分析、营销策略等知识；人力资源管理学系主要研究人力资源管理的理论与实践；财务管理系则教授企业财务管理和财务决策的知识。

两个学院的专业设置各具特色，旨在培养学生的专业技能和实践能力，满足社会对各类专业人才的需求。