沧州医学高等专科学校设有以下院系：基础医学部、护理系、医学系、药学系、口腔系、医学技术系、健康管理与服务系、人文与社会科学系。这些院系构成了学校的专业架构，为学生提供丰富多样的课程选择。

沧州医学高等专科学校是一所经河北省人民政府批准、教育部备案的全日制普通高等职业院校。学校以培养高质量的医学专业人才为目标，是河北省优质高等职业院校立项单位，同时也是现代学徒制试点单位。学校的历史可以追溯到1958年创建的沧县专区医学院，经过多次发展与变革，于1994年被评为全国重点卫生学校，最终在2004年5月成功升格为沧州医学高等专科学校。