南京大学向纳入全国研究生招生计划的所有全日制硕士生（有固定工资收入的除外）提供助学金（0.6万元/年）以及学业奖学金（0.6-1.2万元/年）；优秀硕士生可申请国家奖学金（2万元/人）、校长奖学金等各种冠名奖学金。

非全日制研究生不享受助学金、学业奖学金和国家奖学金。此外，学校设有校内研究生“三助一辅”岗位和多种创新项目资助。全日制研究生还可申请国家信用助学贷款（国家开发银行生源地信用助学贷款、中国银行校园地信用助学贷款）。

南京大学研究生院和工学院为在读研究生提供了形式多样的奖助学金，包括：助学金、学业奖学金、研究生国家奖学金、优秀研究生奖学金和各类冠名奖学金等。学院约90％的研究生获得过奖学金。学校对优秀博士生提供校长特别奖学金（1.8万/年）。科研成果突出的博士生还可申请优秀博士生创新能力提升计划奖学金。

对于推荐免试入学的直博生和硕士生，可获得南京大学新生一等学业奖学金。在读研究生还可申请国家助学贷款和助教、助研、助管岗位。