南京是中国重要的科教中心，拥有悠久的教育历史。南京大学、东南大学等35所本科大学分布于此，彰显了南京在高等教育中的重要地位。

自古以来，南京被誉为“天下文枢”和“东南第一学”，孕育了众多杰出人才。南京的高等教育资源丰富，截至2020年，共有各类高等院校68所，其中“双一流”高校13所，111计划高校10所，211高校8所，两院院士81人，仅次于北京和上海。

南京不仅是近代教育的发源地，也是中国近代教育的起点。19世纪末，美国教会在此创办了最早一批小学。1902年，三江师范学堂附设的附属中学成为南京最早的公立中学。至清末，南京已有公立小学40所，私立小学10所。1919年，东南大学附属小学开设幼稚园，1923年，陈鹤琴创办的鼓楼幼稚园成为中国第一所幼儿教育实验研究中心。

截至2020年，南京拥有普通中学259所，在校生27.55万人；特殊教育学校15所，在校生0.18万人；中等职业学校22所，在校生6.03万人；小学384所，在校生47.10万人；幼儿园1010所，在园幼儿27.85万人。

南京作为国家三大高等教育中心之一，同时也是四大科研教育中心之一，是中国高等教育资源最集中的五大城市之一。南京的科教综合实力仅次于北京和上海，位列第三。

南京还拥有五个大学城：仙林大学城、江宁大学城、浦口大学城、溧水大学城和南京高职园，形成了独特的大学城文化。

从南京走出的两院院士近200人，进一步证明了南京在培养杰出人才方面的卓越成就。