国家自然科学基金项目的实施与管理由自然科学基金委进行宏观把控。其职责包括审核项目研究计划和经费预算，定期检查项目进展与经费使用，并在项目结束时进行评议和结题核准。（第二十三条）

项目负责人在项目实施中扮演关键角色，需根据资助通知编写研究计划和预算，定期向基金委报告项目执行情况，并如实报告研究成果和经费使用情况。任何重大变动，如研究计划调整、人员变动或经费使用变更，需经项目依托单位向科学部申报并获得核准。（第二十四条）

项目依托单位对基金项目的实施负有监督和管理责任，确保人员稳定和条件到位，监督项目执行与经费使用，定期向基金委报告管理状况，并协助基金委进行项目检查。结题时，需审查经费决算和研究工作总结，并按规定申报。（第二十五条）

基金项目的研究成果需明确标注基金资助和项目批准号。基础性数据应公开共享。基金委、项目单位和负责人有责任推广和展示研究成果，推动其应用。（第二十六条）

若在研项目存在严重问题，如弄虚作假、执行不力、未按规定报告或违反经费使用规定，将根据情节轻重可能采取缓拨资助、中止或撤消项目等措施。（第二十七条）