主要区别是，性质不同、研究方向不同、涉及学科不同，具体如下：

一、性质不同

1、食品工程

食品工程是粮食、油料加工，食品制造和饮料制造等工程技术领域的总称。

2、食品科学

食品科学可以定义为应用基础科学及工程知识来研究食品的物理、化学及生化性质及食品加工原理的一门科学。

二、研究方向不同

1、食品工程

食品工业生产中所用加工方法。

2、食品科学

食品健康。

三、涉及学科不同

1、食品工程

食品工程涉及到化学、物理、农学、生物化学、生物学、微生物学、化学工程、生化工程、机械工程、人体营养与食品卫生学、包装材料和工程、环境治理与工程等多门科学。

2、食品科学

包括化学类（有机化学、生物化学、食品化学、分析化学等）、生物学、食品科学、食品工程、微生物学、化工和食品技术、肉制品加工、乳制品加工、蛋制品加工等。

参考资料来源：百度百科-食品工程

参考资料来源：百度百科-食品科学