制药工程考研的专业方向主要包括：制药工程、药物化学、药物分析与质量控制、微生物与生化药学等。

1. 制药工程专业方向

制药工程专业是考研时最直接的制药领域专业方向。这个方向主要研究药物的制造工艺和技术，以及制药设备的设计和操作。在研究生阶段，会深入学习制药过程的优化、药物分离和纯化技术，以及制药工业的经济管理和法规等内容。该专业的学生毕业后可在制药企业、科研机构等单位从事药物的生产和研发工作。

2. 药物化学专业方向

药物化学专业主要研究药物的化学结构和性质，以及药物与生物体之间的相互作用。这个方向的研究生课程会涵盖药物的合成、药物的设计与优化、药物代谢等方面的知识。毕业生可以在药物研发、生产和质量控制等领域工作。

3. 药物分析与质量控制专业方向

药物分析与质量控制专业主要关注药物的成分分析、质量控制和安全性评价。这个方向的研究生需要学习药物的分析方法、质量控制标准、药品监管法规等。毕业生可以在药品检验、药品监管和研发等部门工作。

4. 微生物与生化药学专业方向

微生物与生化药学专业结合了微生物学和药学两个领域的知识。这个方向的研究生课程会涵盖微生物学、生物化学、药物学等方面的内容，主要研究微生物与药物之间的相互作用，以及微生物在药物研发和生产中的应用。毕业生可以在生物制药、药品研发和生产等领域找到就业机会。

以上这些专业方向都是制药工程考研时可以选择的，每个方向都有其特定的研究内容和就业前景。考生可以根据自己的兴趣和职业规划选择合适的方向进行深造。