哈尔滨工程大学分出去了5个学校。分别是国防科技大学、南京理工大学、陆军工程大学、陆军装甲兵学院和陆军防化学院。

哈尔滨工程大学源自1953年创办的中国人民解放军军事工程学院（哈军工）；1970年，在哈军工原址以海军工程系为主体组建哈尔滨船舶工程学院；1981年成为首批具有博士、硕士学位授予权单位；1994年，更名为哈尔滨工程大学。