南航前身是1952年创立的南京航空工业专科学校，发展至今合并了苏州航空工业专科学校和西北工业大学直升机专业，因此在直升机领域有所建树，并且三航（航空、航天、民航）特色鲜明。南航实力最强的学科是力学、机械工程与管理科学与工程，这三个学科在教育部第四轮学科评估中被评为A-等级（前5%～10%），其中力学也入选了双一流学科。

在南航校内，有个专门培养优秀人才的教改班——工程力学“钱伟长班”，这是南航实力最强的专业。“钱伟长班”旨在培养具有深厚、坚实的数学、力学基础理论与工程技术专业知识的高水平创新型人才，学生入校后均配备导师，采用本-硕-博连读培养方式，钱伟长班培养精英人才，招生特别火，每年都是高分考生报考的热点，分数线始终是最高的。

此外，南航的飞行技术专业也是特色之一，这是培养飞行员的专业，在提前批招生，南航的飞行技术专业采用航空公司订单式培养模式，每一位合格的飞行学员毕业后都能在航空公司就业。目前委托学院培养飞行员的有东航、国航等五家航空公司。不过要注意的是，南航的飞行技术专业只招收男生，而且要身体条件要符合中国民航局颁布的《民用航空招收飞行学生体格检查鉴定规范》。

飞机能飞上天，需要的人才可以说是方方面面的，除了飞行相关的专业，设置在南航的其他大众专业也都印上了南航的特色，比如南航的电气工程与自动化就主要研究飞行器上的电路、信号、控制等等；南航的交通运输专业是研究航空运输方向的，包括交通管理与签派、民航运输管理、民航机务工程等，就连英语专业也有民航英语的方向，学生在学习英语和语言文化外也要学习民航业务方面的知识，以便能从事需要英语的民航业务活动，因此南航中很多看似关联不大的专业的毕业生也是可以在航空航天和民航领域工作的。