红河学院的国际学院机构设置包括多个重要的行政单位。首先，学院内部设有学院办公室，作为日常管理和协调的核心。接着，学院拥有两个语言教学部门，分别是国际汉语系和东南亚语系，致力于提供高质量的汉语和区域语言教育。此外，学院还设有两个专门针对小语种的公外教研室，一个是越南语教研室，另一个是泰语教研室，专注于小语种的教学与研究。

在国际合作方面，学院与越南河内国家大学-红河学院越南中心合作，建立了1个国际合作中心，旨在深化国际交流与合作。同时，学院还设立了国际汉语推广中心，致力于推广汉语文化，增进国际间的语言沟通与理解。

在组织架构上，国际学院党总支下辖两个基层党组织，分别是国际汉语系党支部和东南亚语系党支部，这些党组织在学院发展中发挥着重要的引领和指导作用，保证了学院在学术和思想上的健康发展。