华侨大学设有全面的院系，涵盖不同学科领域，为学生提供了丰富学术资源。具体院系如下：

1. 华侨大学华文学院

2. 工学院

3. 电子信息工程学院

4. 土木工程学院

5. 化学与生物工程学院

6. 机械与自动化学院

7. 建筑学院

8. 艺术学院

9. 商学院

10. 法学院

11. 人文学院

12. 外国语学院

13. 哲学学院

14. 马克思主义学院

15. 教育科学学院

16. 体育部

17. 研究生院

18. 国际学院

19. 华侨研究院

20. 继续教育学院

21. 国际交流学院

22. 图书馆

23. 出版社

24. 信息中心

25. 学生工作处

26. 保卫处

27. 后勤服务集团

28. 校医院

29. 学报（哲学社会科学版）编辑部

30. 学报（自然科学版）编辑部

华侨大学厦门校区专业：建筑学、城乡规划、风景园林、土木工程、城市地下空间工程、机电及自动化、机械工程、机械设计制造及其自动化、材料成型及控制工程、工业设计、测控技术与仪器、应用化学、材料科学与工程、材料化学、应用物理学、电子信息工程、计算机科学与技术、制药工程。

华侨大学泉州校区专业：经济学、金融学、投资学、经济与贸易、电子商务、工商管理、市场营销、会计学、财务管理、国际商务、人力资源管理、物流管理、信息管理与信息系统、汉语言文学、应用语言学、英语、日语、翻译、建筑学、城乡规划、风景园林、广播电视学、广告学、音乐表演、音乐学、舞蹈表演。