海关学院全国有4所。国际关系学院、外交学院、上海海关学院、北京电子科技学院。

一、国际关系学院

国际关系学院：学校拥有1个博士点（与中国现代国际关系研究院联合培养），4个一级学科硕士学位授权点，1个独立二级学科点，专业学位有4个授权点，11个专业领域。在校全日制研究生近700人。北京市市级重点学科1个，涵盖了法学、经济学、文学、工学等4个学科门类。

二、外交学院

外交学院有展览路校区和沙河校区，占地面积35.23万平方米；图书馆馆藏总量182.01万册；设有9个教学单位，13个本科专业；有29个研究中心：有一级学科博士点1个。

二级学科博士学位授权点3个，一级学科硕士点3个，二级学科硕士学位授权点11个，硕士专业学位授权点3个； 有国家重点学科2个，北京市重点学科3个。

三、上海海关学院

学校校园占地面积521亩，下设苏州分校，占地133亩，占地面积312250平方米，教学科研仪器设备总值8853.60万元；设有8个教学院（系、部），设置10个本科专业，2个硕士专业学位授权点。

四、北京电子科技学院

据2019年9月学校官网显示，学校占地140余亩，建筑面积7万4千余平方米；设有4个系、2个教学部；开设8个本科专业；拥有硕士学位授权点2个，有全日制在校生2000余人。2003年教育部批准学院与西安电子科技大学开展联合培养密码学硕士学位研究生工作。