根据最新的中国高校排行榜，南京的大学如下：

校名 排名

南京大学 6

东南大学 18

南京航天航空大学 36

南京农业大学 40

南京师范大学 44

南京理工大学 48

河海大学 67

南京工业大学 77

中国药科大学 90

其他没上榜的南京的大学有：南京邮电学院、南京财经大学、南京审计学院、南京医科大学、南京中医药大学、南京艺术学院、南京信息工程大学、南京林业大学、南京工程学院等。（排名不分先后）

南京的部队院校有：解放军理工大学、南京政治学院、南京国际关系学院、南京海军指挥学院、南京陆军指挥学院等。

其他的本科院校还有很多，但是基本都在这些学校之后。