重庆巴南区有四所大学，分别是重庆理工大学、重庆工程学院、重庆工商大学融智学院、重庆文化艺术职业学院。

重庆理工大学拥有三个校区，总面积2591亩，建筑面积113万平方米。设有20个教学单位，本科专业63个，有15个一级学科硕士学位授权点和45个二级学科硕士学位授权点，14个硕士专业学位授权点。现有本科生、研究生、留学生共计28000多人。

重庆工程学院设于两个校区，南泉校区位于南温泉人文风景区，双桥校区位于双桥经济技术开发区龙水湖畔。设有24个本科专业，全日制本专科在校生15000多人。

重庆工商大学融智学院成立于2001年4月，是教育部批准的全日制本科层次独立学院。位于重庆市巴南区龙洲湾尚文大道906号，占地面积900余亩，配备完善的体育文化设施和齐全的后勤服务设施，馆藏纸质图书100万余册。

重庆文化艺术职业学院自2001年成立以来，开设了26个专业，其中4个是国控专业，两个是国家级骨干专业，一个生产性实训基地，一个双师型教师培养基地，两个民族文化传承与创新示范专业点。另外，该学院还设有4个市级重点骨干专业，3个实训基地，3个教学资源库，2个双基地，其中1个正在培育。