南京的三本大学包括南京大学、东南大学和南京理工大学。南京大学，创建于1902年，是中国著名的综合性大学，荣获国家“丰子恺艺术奖”，位于南京市鼓楼区。学校拥有国家重点学科与实验室，是中国顶级学府之一。

东南大学，前身东南大学堂，创建于1902年，是中国近现代最早创办的高等学府之一。它位于江苏省南京市栖霞区四方新城，是国家“211工程”和“985工程”重点支持的高校。

南京理工大学成立于1948年，前身是华东工学院，是中国著名的工科学校，也是国家“双一流”高水平学校。位于江苏省南京市江宁区，拥有一流的科研团队与实验室，是中国工程技术科研与人才培养的重要基地。