重庆作为中国的直辖市之一，其高等教育资源相对集中且具有较高水平。在985工程和211工程中，重庆市的主要高等教育机构包含以下几所：

1、重庆大学

重庆大学，作为重庆市唯一的985工程院校，是教育部直属的重点大学。学校的历史悠久，学科门类齐全，科研实力强大，在国内外享有较高的声誉。重庆大学在工、理、管、经、文、法、教育、艺术、历史等多领域均有显著成就。该校的工科实力尤为突出，为国家的科技创新和经济发展培养了大量人才。

2、西南大学

西南大学，位于重庆市，是重庆市的另一所211工程院校。作为一所综合性大学，西南大学在教育、农学、生命科学等领域有着显著的优势和特色。学校致力于培养具有创新精神和实践能力的高素质人才，为社会进步和经济发展做出了重要贡献。西南大学的教育学院在全国具有较高的影响力，同时，其农学和生命科学的研究成果也在国内外学术界得到了广泛认可。

在重庆市，这两所大学作为高等教育的旗舰，不仅为本地区提供了优质的教育资源，也为国家的高等教育发展和科技创新贡献力量。它们在学科建设、人才培养、科学研究等方面发挥着重要的作用，为社会培养了大量优秀人才。

综上所述，重庆市在985工程和211工程中，重庆大学和西南大学是其主要的高等教育机构，分别在高等教育的两个重要层次上发挥着关键作用。