东南大学拥有多个专业，其中包括计算机科学与技术、美术学、产品设计、信息工程、电子科学与技术、化工与制药类、环境工程等。其中，计算机科学与技术、美术学和产品设计等为学校的热门专业。

学校的一些重点特色专业包括建筑学、城市规划、机械工程及其自动化、热能与动力工程、信息工程、通信工程、土木工程、工程管理、电子科学与技术、数学与应用数学、自动化、软件工程(软件工程方向)、软件工程(网络工程方向)、生物医学工程、材料科学与工程、电气工程及其自动化、交通工程、道路桥梁与渡河工程、测控技术与仪器、医学影像学等。

在学科建设方面，东南大学在多个领域取得了显著成就，其一级学科国家重点学科包括电子科学与技术（物理电子学,电路与系统,微电子学与固体电子学,电磁场与微波技术）、信息与通信工程（通信与信息系统,信号与信息处理）、建筑学（建筑历史与理论,建筑设计及其理论,城市规划与设计,建筑技术科学）、交通运输工程（道路与铁道工程,交通信息工程及控制,交通运输规划与管理,载运工具运用工程）以及生物医学工程。