闽南理工学院提供了多种专业选择，包括机械设计制造及其自动化、电气工程及其自动化、光电信息科学与工程、服装设计与工程、工程管理、经济学、财务管理、产品设计等。

在一流本科专业建设点方面，2020年度，机械设计制造及其自动化专业被评选为国家级一流本科专业建设点，光电信息科学与工程、服装设计与工程、工程管理三个专业则被评为省级一流本科专业建设点。

此外，闽南理工学院还有其他重点专业，比如机械设计制造及其自动化、电子信息工程等。高等学院创新创业教育改革项目则涵盖了数字媒体技术、机械设计制造及其自动化、测控技术与仪器、国际经济与贸易等专业，为学生提供了更广泛的实践和创新机会。

学院的专业设置不仅涵盖了工程技术领域，还有经济管理、艺术设计等多方面的内容，旨在培养具有跨学科知识和技能的应用型人才。

同时，学院还注重通过创新创业教育改革项目，培养学生的创新能力和实践能力，帮助他们更好地适应未来社会的需求。