福建工程学院目前拥有的五个校区分布如下：

一、旗山（大学城）校区，位于福建省福州市大学新区学园路3号。

二、仓山校区，其地址在福建省福州市晋安区鼓山镇浦东路1号。

三、浦东校区，坐落在福建省福州市晋安区鳝溪学园路9号，福州东三环路旁。

四、鳝溪校区，具体地址是福建省福州市晋安区鳝溪学园路9号。

五、软件园校区，其确切位置有待进一步说明。