南京信息工程大学。

1、江苏科技大学有2个B类学科和7个C类学科，最高等级为B-，材料科学与工程和管理科学与工程；南京信息工程大学有1个A+学科，4个B类学科和7个C类学科，最高等级为A+，大气科学。相对而言，南京信息工程大学的学科建设略胜一筹。

2、南京信息工程大学在全国排名第97名，江苏科技大学在全国排名第147名。南京信息工程大学的排名更靠前，要比江苏科技大学的排名高50位。

3、南京信息工程大学要比江苏科技大学好一些，名气更大、综合实力更强。