北京交通大学拥有16个学院，每个学院都致力于培养具有专业素养和创新精神的优秀人才。这些学院包括电子信息工程学院、计算机与信息技术学院、经济管理学院、交通运输学院、土木建筑工程学院、机械与电子控制工程学院、电气工程学院、理学院、语言与传播学院、软件学院、马克思主义学院、建筑与艺术学院、法学院、詹天佑学院、国家保密学院以及威海国际学院。学校还设有研究生院以及远程与继续教育学院，为学生提供了全面的学习和发展机会。

电子信息工程学院专注于电子信息技术和通信技术领域的教育和研究，为学生提供了广泛的学习资源和实践机会。计算机与信息技术学院则致力于培养具备计算机科学知识和技能的专业人才，涵盖了软件工程、网络工程等多个专业方向。经济管理学院和交通运输学院则分别针对经济管理与交通运输领域的教学和研究，帮助学生掌握相关领域的理论知识和实践技能。

土木建筑工程学院和机械与电子控制工程学院则关注土木工程与机械技术的发展，培养具备相关专业知识和实践能力的工程师。电气工程学院则致力于电气工程领域的教学和研究，为学生提供了丰富的实验设备和实践机会。理学院则注重自然科学和数学领域的教育和研究，为学生提供了广阔的知识视野。

语言与传播学院和法学院则分别关注语言学、传播学以及法学领域的教学与研究，培养具有专业知识和技能的人才。软件学院则专注于软件开发和信息技术领域的教育和研究，为学生提供了实践机会和就业指导。马克思主义学院则致力于马克思主义理论的研究和传播，为学生提供了深入学习的机会。

建筑与艺术学院则关注建筑学与艺术设计领域的教育和研究，培养具备相关专业知识和实践能力的人才。詹天佑学院则以培养铁路工程技术人才为目标，为学生提供了丰富的实践机会和教育资源。国家保密学院则专注于保密技术和信息安全领域的教育和研究，培养具备相关专业知识和技能的人才。威海国际学院则致力于国际教育和研究，为学生提供了国际化的学习环境和机会。

研究生院则为有志于深入学术研究的学生提供了进一步学习和研究的机会，而远程与继续教育学院则为在职人员提供了继续教育和职业发展的机会。