1.南京大学、2.苏州大学、3.东南大学、4.南京航空航天大学、5.南京理工大学、6.中国矿业大学、7.南京邮电大学、8.河海大学、9.江南大学、10.南京林业大学、11.南京信息工程大学、12.南京农业大学、13.南京医科大学、14.南京中医药大学、15.中国药科大学、16.南京师范大学

南京大学，在全国排名中，排到第六位；南京航空航天大学，排名下降2位；南京医科大学，排名下降7位，南京师范大学，排名下降14位，创下历史纪录；南京信息工程大学，下降6位，大气学科也未能阻击其颓势；南京中医药大学、南京林业大学、中国药科大学，从榜单上来看，都是在退步中。