根据国家自然科学基金的资金管理办法，合作单位资金分配主要依据以下原则：

1. 项目获得资助后，甲方和乙方根据各自承担的项目经费额度，分别制作“国家自然科学基金项目资金预算表”及“预算说明书”，并按此预算方案进行资金分配。

2. 间接经费的数额原则上应由双方直接经费扣除仪器设备购置费后各自乘以相同比例后计算得出，计算比例依据“资金办法”相关规定执行。

3. 项目经费分阶段拨付，基金委下达年度经费(含直接经费和间接经费)到账后30日内，甲方将经费按比例拨付给乙方。

需要注意的是，具体的资金分配方案需要根据合作协议的约定，以及项目经费的管理办法来确定。