1994年起，中国国家教委与德国外交部开始就中德学院的合作项目进行深入讨论。1995年，德意志学术交流中心被授权负责该项目的具体执行。同年，德国联邦总理赫尔穆特.科尔访华，催生了联合办学以深化教育领域合作的设想。

1996年，同济大学与德意志学术交流中心签署了首个合作协议，开启了中德学院的发展序幕。1997年，为首届学生开设了德语课程，进一步增强了学术交流的深度。

1998年，中德学院正式成立，初始专业包括经济管理与电子信号与信息处理。1999年，机械与汽车工程部成立，为学院的多元化发展奠定了基础。

2000年，中德学院大楼奠基，标志着学院硬件设施的提升。2002年，大楼落成并通过评估，为教学和研究提供了坚实平台。

2003年，继续促进中德学院项目的框架协定签署，德国总理施罗德出席签字仪式，同济大学与德国学术交流中心签署了第二期合作协议。2006年，经济法部成立，学院的专业领域进一步扩展。

2007年，同济大学迎来了百年校庆，德国总统Horst Köhler来访，对中德学院给予了高度关注。2008年，中德学院从项目成功转型为同济大学的常设机构。

此后，学院与德方持续深化合作，如2008年德国教育部长Schavan的访问和签署相关文件的仪式，以及2010年国联邦财政部长施泰因布吕克的访问，都见证了中德学院的稳步发展和里程碑事件。