南通大学在双非院校中属于较高的档次，作为江苏省重点建设的大学之一，它在南通地区享有显著的地位，被公认为当地最好的本科教育机构。

在2020年的校友会中国大学排名中，南通大学位列全国第206名，位置介于湖北三峡大学和四川西南民族大学之间，而在江苏省内则排在第18位，稍逊于南京信息工程大学。在2020软科中国大学排名中，南通大学在全国的排名进一步下降至第146名，略低于天津师范大学；在江苏省内，它位居第20名，低于江苏科技大学，这表明其在全国和省内都处于中等水平的高等教育机构之列。

尽管如此，南通大学在学科实力和教学建设上表现出色，特别是医学类学科较为突出，拥有国家特色专业和多个实验室及研究基地，为学生的学术成长提供了坚实的基础。就业方面，南通大学的毕业生就业表现良好，总体就业率高达98.12%，其中大部分专业达到100%的就业率，只有极少数专业略低于90%，显示出其良好的就业保障。