南开大学经济研究所致力于推动我国经济的未来发展，以适应社会主义市场经济体制的深化和完善。研究所的研究领域广泛且深入，主要包括转型经济理论、市场运行的探讨、企业改革与产业结构调整的策略、经济发展理论的探索、农业经济的现代化路径、产业经济的动态分析，以及中国近代和中外经济关系的历史研究，特别是对韩国经济的对比研究。

研究所将这些研究方向作为核心，积极培养高级经济人才。每年，研究所会接纳约30名博士研究生，他们将在此深造，探索经济领域的前沿知识。此外，硕士研究生的招生规模也相当可观，每年大约40人会选择南开经济研究所作为他们学术生涯的起点。同时，研究所还注重博士后的培养，每年会接纳5名博士后研究人员，为他们提供进一步的学术研究和实践机会。