这两所学校都是河南省的普通公办本科，学费都不高，都是师范类院校。2018年，商丘师范学院理科分数线为461分，而南阳师范学院则为446分，两者相差不大。

如果考生倾向于选择师范类专业，那么南阳师范学院会是更好的选择。南阳师范学院拥有博士366人，正高级职称教师130人，副高级职称教师366人，师资力量较为雄厚。相比之下，商丘师范学院在这一方面可能稍逊一筹。

对于非师范类学生而言，两校之间的专业选择差异不大，因为这类师范院校其他专业的实力差距并不明显。

地理位置上，南阳师范学院相较于商丘师范学院稍逊一筹。南阳的高铁建设仍在进行中，而商丘的高铁已经通车，交通更为便利。这对于考生来说是一个积极的因素，尤其是那些需要频繁往返于学校和家中的学生。

综上所述，考生在选择这两所学校时，应综合考虑专业、师资力量以及地理位置等因素。