沈阳药科大学中外合作办学学费为50000元/年/生，住宿费1200元/年/生。生物医学工程专业（中外合作办学）学费为50000元/年/生。通常中外合作办学专业学费较高，少则2-3万元/年，一般在5-6万元/年，有些专业学费甚至可达10-20万元/年。但这些专业相对于普通专业，录取分数通常低10-20分，甚至有低20-30分的可能，适合有出国意向，家庭条件较好但分数不够目标院校普通专业的同学考虑报考。

沈阳药科大学与美国特莱恩大学合作举办生物医学工程专业本科教育项目，于2020年10月获得中国教育部审批。项目学制四年，采用“4+0”模式，旨在培养全面发展，适应经济社会发展需求，掌握生物医学工程专业知识和跨文化交流能力，熟悉国内外生物医学工程知识，具备社会责任感、创新精神、创业意识和实践能力，具有国际视野的复合型人才。

中外合作办学专业在本校同批次录取（按招生所在省级招生主管部门批准批次执行），纳入普通高等学校招生计划招生。学生在结束国内阶段学习后，成绩达标且符合签证条件者，可自愿申请赴国外学习。国外就读阶段学费遵循国外合作学校的规定标准。中外合作办学专业学生完成全部学业，成绩合格者将获得沈阳药科大学普通高等学校本科毕业证书及学位证书，同时达到外方学位授予标准的学生还将获得美国特莱恩大学学士学位证书。