转录因子是一种具有特殊结构、行使调控基因表达功能的蛋白质分子，也称为反式作用因子。在植物中，它们分为非特异性转录因子和特异型转录因子。非特异性转录因子，如大麦中的HvCBF2，非选择性地调控基因的转录表达。而特异型转录因子则能够选择性调控某种或某些基因的转录表达。

典型的转录因子含有DNA结合区、转录调控区、寡聚化位点以及核定位信号等区域。这些功能区域决定转录因子的功能和特性。DNA结合区主要有HTH、HLH结构、锌指结构和亮氨酸拉链结构等。

HTH和HLH结构由两段α-螺旋夹一段β-折叠构成，α-螺旋与β-折叠之间通过β-转角或成环连接。锌指结构由一段富含半胱氨酸的多肽链构成，四个半光氨酸残基或组氨酸残基螯合一分子Zn2+，其余约12-13个残基则呈指样突出，刚好能嵌入DNA双螺旋的大沟中。亮氨酸拉链结构则由两段α-螺旋平行排列构成，其α-螺旋中存在每隔7个残基规律性排列的亮氨酸残基。

同一家族的转录因子之间的区别主要在于转录调控区。转录调控区包括转录激活区和转录抑制区。转录激活区一般包含DNA结合区之外的30-100个氨基酸残基，有时一个转录因子包含不止一个转录激活区。控制植物储藏蛋白基因表达的VP1和PvALF转录因子，它们的N-末端酸性氨基酸保守序列都具有转录激活能力。

转录抑制区也是转录因子调控表达的重要位点，可能的作用方式有三种：与启动子的调控位点结合，阻止其它转录因子的结合；作用于其它转录因子，抑制其它因子的作用；通过改变DNA的高级结构阻止转录的发生。

转录因子必须在核内作用，才能起到调控表达的目的。因此，转录因子上的核定位序列是其重要的组成部分。一般一个或多个核定位序列在转录因子中不规则分布，同时也存在不含核定位序列的转录因子。

绝大多数转录因子结合DNA前需通过蛋白质-蛋白质相互作用形成二聚体或多聚体。这种多聚体的形成是转录因子上的寡聚化位点相互作用的结果，寡聚化位点的氨基酸序列很保守，大多与DNA结合区相连并形成一定的空间构象。

转录因子的作用是通过与顺式因子的互作来实现的。这段序列可以和转录因子的DNA结合域实现共价结合，从而对基因的表达起抑制或增强的作用。