四川大学华西医学院提供本科教育，包括临床医学（5年制和8年制）、护理学、医学检验、眼视光学、医学影像技术和康复医学六个专业。同时，该医学院还提供研究生教育，涵盖临床医学、中西医结合和护理学三个一级学科的博士学位授予资格。

具体到各院系的专业设置，临床医学院设有药剂学、内科学、外科学、护理学、肿瘤学、临床检验诊断学、妇产科学、麻醉学、病理学与病理生理学、皮肤病与性病学、神经病学、生理学、眼科学、影像医学、核医学、运动医学、儿科学、中西医结合临床、精神病与精神卫生学、康复医学与理疗学、老年医学、遗传学、急诊医学、耳鼻咽喉科学、循证医学、临床药物与器械评价科学和移植科学与工程学等专业。

基础医学与法医学院的专业包括药理学、生物医学工程、法医学、生物化学与分子生物学、病理学与病理生理学、生理学、人体解剖与组织胚胎学、免疫学和病原生物学。

药学院则提供药事管理学、药物化学、药剂学、药理学、药物分析学、生药学、微生物与生化药学和临床药学等专业。

口腔医学院的专业方向包括口腔临床医学和口腔基础医学。