南京的985大学有2所，分别为南京大学和东南大学。南京大学是由中华人民共和国教育部直属的综合性全国重点大学，而东南大学是中华人民共和国教育部直属、中央直管副部级建制的全国重点大学。

南京大学有仙林、鼓楼、浦口、苏州四个校区；设有31个直属院系，88个本科专业；有“双一流”建设学科15个；有博士后流动站38个，博士学位授权一级学科38个，专业博士学位授权点1个，硕士学位授权一级学科8个，专业硕士学位授权点25个；有教职工4647人；各类学生总计56068人。

学校占地面积5888亩，建有四牌楼、九龙湖、丁家桥等校区；设有33个院系；全日制在校生30664人；专任教师2899人。专任教师2991人，其中具有博士学位的教师2569人，正、副高级职称教师2021人；博士研究生指导教师1071人，硕士研究生指导教师2166人。有两院院士12人，欧洲科学院院士