各校都有其独特的特色和优势，但若比较武汉大学与复旦大学，武大相对于复旦、交通大学、南京大学、浙江大学等第二集团的学校，差距依然不小。一般而言，武大和南开大学、天津大学、北京师范大学以及华中科技大学等，被归为第三集团。

首先，地理位置对学校发展的影响不容忽视。长三角地区的经济繁荣，使得复旦在985工程一期获得了12亿元的拨款，其中教育部和上海市各承担一半。相比之下，武汉大学仅获得了8亿元拨款。上海市对于复旦的支持更为显著，例如在复旦百年校庆时，上海市就投资了4亿元建设光华楼。武汉虽在城市规模上不输上海，但在经济实力上却相差甚远，这并非仅仅体现在一两个档次上的差异。同样地，华中科技大学也是在无奈中与复旦相比。其次，武大与复旦在文理科方面类似，北京大学、复旦大学和武汉大学，分别对应清华大学、上海交通大学和华中科技大学，都是工科学校。但从整体来看，武大的各方面表现均逊色于复旦，正如复旦难以在北大面前有所作为一样。在生物学领域，北京大学和复旦大学的表现尤为出色，两校均有国家重点实验室、国家重点学科以及院士，且都在积极争取申报国家实验室。未听说武大在这些方面占据第一的说法。大部分学科，复旦的表现都优于武大，无论是文科还是理科，少数学科武大表现更佳，主要集中在法学等文科领域。然而，从发展前景来看，武大仍逊色于复旦，这与经济发展有着密切关系。武大的实力主要依靠几十年的积累，而经济实力的差距越大，未来的发展也将越来越力不从心。

此外，从学生就业前景来看，复旦大学也优于武汉大学。在上海就业或出国留学方面，复旦的优势明显优于武汉大学。在国家层面，985工程中，清华大学和北京大学被列为第一档；复旦大学等被列为第二档，形成了2+7的格局（后来又变成2+8、2+9、2+10）。而武汉大学及其他几所大学则被划分为第三档中的最高一级。

值得一提的是，武汉大学的校园风景在中国大学中堪称一流，其美丽程度甚至超过了复旦大学。