福建师范大学自考项目较为成熟，学费相对较低，一般专业学费为3360元每年。而福州大学自考项目则在旧校区进行，该校区已被至诚学院全面租赁，因此自考生需向至诚学院租用场地，福大的学费则为5960元每年。从教学质量上看，两所大学的自考项目都较为相似，主要区别在于各个学院招收自考生的数量。

如果某个学院招收的自考生较多，那么在师资配置和住宿条件方面会更好一些。在住宿方面，福建师范大学有一些校内的自考住宿资源，而福州大学则全部为校外住宿，因此在住宿条件上会相对逊色一些。

两所大学的毕业证书都是由福大或师大与福建省自考办联合颁发，具有相同的效力。但在专业选择上，建议考生根据自己的兴趣和职业规划来选择，一般而言，技术类专业更为实际。

综上所述，如果考生更看重性价比和住宿条件，那么福建师范大学自考项目是一个不错的选择。但如果考生对教学质量有较高要求，或者希望在更好的学习环境中学习，那么福州大学自考项目也值得考虑。