南京大学研究生学费标准依据专业和学习计划存在差异。全日制学术型研究生的学费为8000元/年或40000元/年。全日制专业学位研究生的费用则在10000元/年至20000元/年之间变动。在职研究生的学费同样根据专业与学制不同，以南京大学在职工商管理硕士为例，其学费大约在3至5万元左右。非全日制学位研究生的学费范围从25000元到254000元不等，学习期限在2至3年之间。