关于你的问题，我来给你回答。
🎓日本国内申请
文部省奖学金有硕士项目的，但是只能通过日本国内申请，也就是你说的通过东大的老师在国内帮你申请。
💰补助标准
目前文部省硕士的补助是每个月14.6万，比博士生少1000日元。
📚硕博连读
可以申请硕博连读，但是由硕士（博士前期）跨越博士（博士后期）需要考试。