清华大学和南京大学都是全国重点综合性研究型大学，但二者之间还是有一些差距，南京大学要比清华略输一筹。

在第四轮国家学科评估中，清华大学共有53个学科上榜，分布主要是21个科目是A+，8个科目是A，8个科目是A-，10门科目为B+，2个科目是B-，2门C+，2个科目是C；南京大学共有41个学科上榜，分布主要针对3门A+，11个科目是A，7个科目是A-，10门科目为B+，5个科目是B，2个科目是B-，2门C+，1个科目是C。清华大学的学科比南京大学多。

清华大学拥有超过3485名教师，1诺贝尔奖获得者，图灵奖获得1，中国工程院院士39人，中国科学院院士51人，239获得国家杰出青年科学基金，152获杰出青年科学基金；南京大学现有教师4756余人，其中，中国工程院院士4人，中国科学院院士31人，中国科学院外籍院士1人，133获国家杰出青年基金，91获国家杰出青年基金。清华大学略优于南京大学。