扬州大学，简称“扬大”，坐落于江苏省扬州市，是一所由江苏省人民政府和教育部共建的高校。它不仅是江苏省的重点综合性大学，也是江苏高水平大学建设高峰计划A类建设高校。扬州大学在全国首批博士、硕士学位授予单位中占有一席之地，是全国首批合并办学的高校之一。此外，扬州大学还是江苏—英国高水平大学联盟成员，入选国家“111计划”、国家建设高水平大学公派研究生项目、国家“特色重点学科项目”建设高校。扬州大学也积极参与卓越工程师教育培养计划、卓越农林人才教育培养计划、新工科研究与实践项目，是中国政府奖学金来华留学生接收院校、全国首批深化创新创业教育改革示范高校和全国高校实践育人创新创业基地。

南京工程学院位于江苏省南京市，也是一所以工学为主，涵盖经济学、管理学、文学、理学、法学等多学科的多科性普通本科大学。南京工程学院在全国高等院校应用型本科院校专门委员会中担任主任委员单位，在全国服务特需硕士研究生培养单位联盟中是副理事长单位。同时，学校还是新建本科院校教学工作合格评估方案的主要起草单位，也是教育部“卓越工程师教育培养计划”的试点高校和教育部CDIO工程教育改革首批试点高校。南京工程学院是国家级新工科研究与实践项目的入选高校，中国电力高校联盟和CDIO工程教育联盟的成员单位。2017年，南京工程学院成为江苏省省级硕士立项建设单位。

从学科建设、科研项目、师资力量等方面来看，扬州大学无疑具有更多优势。扬州大学的学科覆盖面更广，科研项目更多，师资力量更雄厚。而南京工程学院则在工学领域有着显著的特色和优势。南京工程学院在工科教育和工程实践方面有着深厚的基础，这使其在培养工程技术人才方面具有独特的优势。两所大学各有千秋，具体选择哪一所，还需根据个人的兴趣和职业规划来决定。

综合来看，扬州大学在综合实力上占有优势，尤其是在学科建设、科研项目和师资力量方面，具有明显的优势。南京工程学院则在工科领域有着独特的优势，特别是在培养工程技术人才方面具有显著的特点。因此，在选择这两所大学时，可以根据个人的兴趣和职业规划来做出选择。