2007年，清华大学对于非艺术类新生的学费设定为每人每年5000元人民币，而计算机软件专业的前两年学费与普通专业相同，但从第三年起，学费提升至每学年13000元人民币。至于住宿费用，则需参考《入学须知》中的具体规定。

清华大学的所有专业（不包括艺术类）在新生入学时实行统一的学费标准，没有招收自费生的计划。而艺术类专业的学费则有所差异：艺术史论专业的学费为每人每学年5000元人民币，艺术设计和造型艺术专业的学费为每人每学年10000元人民币。学校设立的奖学金种类繁多，目前约有100种不同的奖学金，其中包括特等奖学金，每年金额可达10000元人民币，综合奖学金以及十余种单项奖学金。在校学生中，超过三分之一的人能够获得奖学金。

另外，对于那些基础较弱但通过努力学习成绩显著提升的学生，可以申请学习进步奖。同时，部分院系还设有自己的奖学金体系，用于表彰和资助本院系内的优秀学生。2006年，清华大学本科生所获得的奖学金总额超过了千万元人民币。